漆黑的魅影神兽版有两个个版本。分别是「新奥3主宠版」和「伊宿3主宠版」。两个版本的唯一区别就是初始的精灵不同，且在对应的版本里无法获得另一版本的主宠。
这个也是由于空位有限而无法同时加入这两个地区的初始精灵，所以分为这两个版本，玩家可以根据自己的喜好选择版本。
新的芳缘地区，新的敌人熔岩团和水舰团，新的人物，新的故事，新的神兽，新的双主角。新增加了2V2的战斗，增加了选美比赛和秘密基地。
该版本为「新奥3主宠版」！