官方简介 迪士尼/皮克斯的《海底总动员》有两个主要的故事情节。就像2003年的动画片中一样，小丑鱼尼莫在澳大利亚大堡礁附近被一名潜水者抓获，最后在牙医办公室的水族馆里被抓获，这是他上学的第一天。在第一个故事情节中，玩家扮演尼莫的父亲马林（Marlin）的角色，马林在一个名叫多莉（Dory）的健忘帝王蓝唐鱼（greal Blue Tang fish）的协助下，必须解决谜题，并掌握街机式的小游戏，寻找他失踪的儿子。第二个故事情节涉及尼莫试图与水族馆的其他居民成为朋友，以便加入水族馆帮派，帮助完成他们的秘密逃跑计划。在冒险过程中，玩家可以随时在这两个故事情节之间切换，直到两个故事统一。
在整个冒险中，玩家被介绍给电影中帮助马林和尼莫完成任务的角色。在马林的故事中，玩家必须逃离鲨鱼布鲁斯，从沉没的潜艇上找回潜水员的面具，避开琵琶鱼，跳过迷宫般的水母，搭顺流而下到悉尼港。与此同时，尼莫的小游戏和谜题包括用小石子堵塞水族馆的过滤器，在气泡到达水箱顶部之前捕捉气泡，在水泡到达水池顶部之前捕捉气泡，在迷宫般的提基头上移动，帮助雅克解开钥匙链，以及从螃蟹出没的下水道管道中逃生。一旦父子团聚，他们必须从渔网中拯救多莉和其他鱼类。