官方简介 21XX年，在经历了两次西格玛叛乱（《洛克人X1》《洛克人X2》的剧情）及多普勒博士叛乱事件（《洛克人X3》的剧情）之后，地球环境受到严重破坏，各类灾害频发；同时，Repliroid（思考型机器人）会异常化的问题依旧困扰着人类和Repliroid。为了迅速应对大规模灾害，继续研究、优化和发展Repliroid，于是一支全部由Repliroid成员构成的军队便诞生了，名为Repliforce（改造军团）。Repliforce与异常者猎人部队一同处置异常化事件，二者一边相互助力协作，一边执行各自的任务。
可是有一天，巨大的异常化机器人占据了空中都市Sky Lagoon，而该异常者原本是通过Repliforce的技术手段制造的机器人。而且，Repliforce录用的作为主要战斗力的Repliroid士兵Nottoberê，被相关人员在现场发现，于是Repliforce被怀疑成是整个事件的幕后策划者。在事态发展过程中，异常者猎人部队一侧，以听取事件为由，要求Repliforce的副司令官Colonel（卡尼尔）率众投降。但Colonel优先考虑军人的自尊心问题，拒绝投降。在谈不拢的情况下，拥有巨大军事力量的Repliforce最高司令官General（杰乃拉尔）发动了武装政变，在各地实行割据，并准备建立一个只有Repliroid的国度。
异常者猎人部队司令部立即将Repliforce全体认定为异常化，对X与Zero下达出击命令……