官方简介 《拳皇99》放弃了《拳皇98》成熟的系统，没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。并且取消了能量槽的继承系统。缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。并且向后回避时会向前小跳跃。同时可以CANCEL必杀技和超必杀。《拳皇99》也首次引用了“援护系统”以及“攻击模式”的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。在该作中，玩家需选择4名角色，排序时的最后一名角色为援护角色。通过消耗画面下侧的援护点使用援护攻击。
当能量槽MAX时，可通过相应的按键发动攻击模式或防御模式，提升攻击力。状态结束后能量槽亦会消失，一段时间后才会再次出现。
攻击模式下，回避移动攻击中可取消出必杀技，还可以无限制使用超必杀技，超必杀攻击判定加强，但出招变慢。不能发动MAX超必杀。
防御模式下，收到攻击可立即恢复常态，防御不会消耗防御值，回避移动攻击会将对手击飞并可进行追打攻击，且对手防御回避移动攻击时会消耗体力，但状态中不可使用超必杀技。