官方简介 《龙背上的骑兵2》的故事背景是发生在前作的 18 年後，故事叙述 18 年前与前作主角 凯伊姆（caim）定下契约的红龙安杰尔（angel）牺牲自我，让呇l转移到自己身上，而使得世界免於崩坏毁灭的危机。18 年後，英雄 威尔德雷 为了巩固红龙的封印，而制造了 5 个封印之钥，并成立封印骑士团来守护封印之钥。
在遥远的古昔，天空仍然被龙族所统治的时代。联合军与帝国军围绕着足以导致世界崩溃的“封印”展开了激烈的战斗。联合军的战士カイム，为了得到强大的力量，与红龙アンヘル定下了契约。为了保护女神フリアエ，カイム与アンヘル不分昼夜的战斗着。但是，最终封印还是被解开了，整个世界开始走向毁灭……
这一切，皆因一个6岁的少女而起，一个从小失去母爱，却有幸被神所眷顾的少女マナ。
アンヘル以自己的身躯为代价，将世界从“封印”中拯救出来，失去了アンヘル的カイム，第一次流下了眼泪。
18年以后……
那次大战后的英雄ヴェルドレ，为了巩固アンヘル的封印，成立了“封印骑士团”。
骑士团中有一位驾驭着在龙背上的少年，被龙所养育，理解龙族语言的战士ノウェ。
他和守护着他的黑龙レグナ一起从属于封印骑士团，被大家称为“龙之子”的他也一直被认为是一个异端而存在。
他的命运，在和“圣女”相遇之后，发生了巨大的转变。那个圣女的名字是マナ（1代的boss）。