官方简介 游戏背景延续初代《梦幻之星》，讲述了一个长达数亿年的宇宙正邪之战的科幻故事。玩家将在游戏中扮演主角，为了对抗邪恶的敌人带领队员们踏上冒险旅程。
AW0822年，地球人的恒星间机动要塞诺亚经过长期的宇宙探索，终于侵入了阿尔戈尔太阳系。
AW0843年，阿尔戈尔发生3星连珠，游戏里称之为“合”。行星帕尔玛和莫塔比亚轨道位置互换，造成了严重的破坏，兰蒂尔王族中衰。
AW0845年，在地球人的暗中煽动下，开始以诺亚的核心机构联网构筑帕尔玛的玛扎布瑞恩（超级电脑），重建帕尔玛文明。玛扎布瑞恩后来更进一步成为帕尔玛的社会管理系统。这当然激起了原帕尔玛人的反抗，他们暗中在底佐利斯组织了反抗组织。
AW1284年，深远之暗的复活计划正式开始。莫塔比亚的BIOSYSTEM发生异常。继女王阿丽莎一世登基以来已经流逝了近千年的时光。昔日的沙漠行星莫塔维亚在母脑的监管下已经变成了一个充满生机的绿色星球，尽管没人知道母脑究竟从何而来。在这样的时代背景下，20岁的调查员尤西斯和他的义妹妮一起平静地生活着。尤西斯在10岁那年经历过一场宇宙船事故，在那次事故中，包括他父母在内的所有乘员都不幸遇难，只有他奇迹般地活了下来。新人类妮虽然看上去是一个妙龄少女，但事实上年龄只有一岁多。这是因为由动物细胞和人类细胞结合而诞生的新人类拥有着远远超越普通人类的成长速度，新人类也因此被当作异类，而遭到了整个社会的排斥。人们原以为在母脑的管理下，这样的幸福生活会永远持续下去。但就在两年前，突如其来的异常事态发生了，生化怪物开始大量出现，并不断袭击各地住民。在总督府接到了莫塔维亚总督的委托后，尤西斯和妮开始了探索这一切背后真相的旅程。