官方简介 主角是一个住在 真新镇 中默默无闻的孩子。在主角开始旅行踏入草丛时， 大木博士 叫住了主角，解释说这样的草丛栖息有野生的宝可梦，遭遇它们十分危险。大木博士将自己的孙子、同为宝可梦训练家的 青绿 介绍给了主角，二人选择了各自的初学者宝可梦并进行了对战——这在此后的旅程中时有发生。
在来到下一个城市后，主角被要求为大木博士捎去包裹，并在来到大木博士的实验室后被赠予了 宝可梦图鉴 ，后者能够记录遭遇的宝可梦。大木博士要求主角替他实现自己收集所有游戏中宝可梦信息的梦想。
在游历地区中各个城市的过程中，主角会遇到名为道馆的设施。在道馆中有道馆训练家，主角需要在宝可梦对战中击败他们以获得道馆徽章。在获得八枚徽章后，主角才有资格进入由地区中最出色的训练家组成的宝可梦联盟。在那里，玩家将会挑战 四天王 。主角还需要对抗滥用宝可梦力量的敌对组织 火箭队 ，直面并击败组织的首领 坂木 。