官方简介 洛戈斯号的船长尼奥贝和她的大副幽灵是我们遇到的第一个角色。他们的任务是取回一个被最近被拆除的叛军船“奥西里斯”号船员遗弃在矩阵中的包裹。Ghost和Niobe最终带着这件物品走出了矩阵，随后是特工。包裹中包含一条发送给人类城市锡安的警告信息，通知其居民一支哨兵部队目前正在挖掘通往锡安的道路。Niobe和Ghost的任务是协调防御战略，将剩余的船只带回锡安。在这次任务中，Niobe和Ghost向另一组试图逃离该地区的特工提供帮助。现在所有人都回到了船上，几艘船的船长聚集在矩阵中，讨论他们对最有效自卫手段的选择。特工们在大楼被围困期间对他们目前正在开会的大楼发动了袭击。当矩阵中除了Niobe和Ghost之外的所有人都安全时，Keymaker，一台能够访问矩阵中任何区域的计算机，会护送他们通过他建立的门到达安全地带。Niobe和Ghost帮助人类逃离了黑客帝国。钥匙制造者为两人提供了一把钥匙，他们的任务是将钥匙交给三集电影三部曲的主角尼奥。
另一方面，为墨洛温人工作的支持者偷走了钥匙。墨洛温是一个在黑客帝国早期开发的项目，现在是黑客帝国中一个强大的犯罪头目。在Niobe和Ghost追捕他们的过程中，玩家没有选择的角色会被其他暴徒俘虏。为了防止玩家角色救出被抓获的人，墨洛温人销毁了钥匙制造者给他们的钥匙。他们最终走出了矩阵。