官方简介 21XX年，在多普勒博士叛乱事件（《洛克人X3》的剧情）之後，由于理解到异常体猎人的组织架构没有办法应变大规模的异常体事件或者其他大型灾害，在凯因博士的推动之下组成了纯粹由思考型机器人组成的军队「仲裁部队」。
很快仲裁部队和异常体猎人就形成了相互协力的关系，但是仲裁部队过于庞大的军队体系很快就被发现有著缺乏效率的缺点，并无法达到当初快速对应各种大型灾害的目标。在异常体猎人当中甚至出现认为仲裁部队本身就有可能造成新的问题的观点，使得异常体猎人与仲裁部队之间开始有所猜忌。在仲裁部队的最高司令官「杰乃拉尔」的领导及妥协之下，这些猜忌的声音一直都被压抑在台面之下。
但是没过多久，天空城「天空礁湖」就受到了异常体的袭击而坠落，最终给下方的城镇造成了惨重的伤亡。因为在事件中发现攻击天空礁湖的大型异常体「异常体兽王」在设计上使用了仲裁部队专属的零件技术，并且传出目击到仲裁部队的量产士兵「纽结贝雷帽」出现在攻击现场的消息，加上自称为救妹妹爱莉丝而赶到现场的仲裁部队指挥官卡尼尔出于军人的自尊而拒绝放下武器配合调查的要求，因此更加深了异常体猎人对仲裁部队的怀疑。
因为异常体猎人单方面配合调查的要求碰触到了杰乃拉尔的底线，最终宣布仲裁部队自人类社会独立之後将大本营移到了仲裁宇宙军的终极武器，而异常体猎人则依此判断仲裁部队全员异常体化。两个组织开始了之後称为仲裁部队大战的全面冲突……