官方简介 《碧之轨迹》的舞台同样位於表面繁荣但暗潮汹涌的魔都克洛斯贝尔，时间接续在前作5个月後。当时以罗伊德、艾莉、缇欧、兰迪一行人为核心组成的特殊警调单位“特务支援课”，虽然成功解决零之轨迹中的重大事件，却也因为某些原因必须解散，成员因此各奔东西。
然而克洛斯贝尔仍有许多问题悬而未解，例如依然强大的黑道组织，仍在台面下翻弄社会情势；拥有国家级武力的特级猎兵团赤色星座赫然进驻，为钜额报酬进行神秘委托；埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国，两大强权与克洛斯贝尔的领土争端依然存在，宛若导火线一触即发；仅仅展现冰山一角就显露超强实力的神秘结社“噬身之蛇”，始终对克洛斯贝尔某项事物抱持高度兴味；就连隶属七曜教会的星杯骑士团，竟也抱持不可告人的目的暗中行事。众多势力集结魔都，凝聚足以颠覆大陆情势的混乱能量。相对当前的混乱情势，罗伊德之兄的死亡疑团对世人而言，重要性显得如此微不足道。但这起早已被非当事人淡忘的小小事件，其影响力才正要发酵。
在超越人智的因果律牵引下，新生的“克洛斯贝尔特务支援课”，再次画出新的历史轨迹。