官方简介 《海贼王无双2》的剧情为完全原创的平行世界故事，与原作无直接关联。游戏的舞台转移到了新世界，以路飞一行人两年修行之后作为主要剧本，并收录了前作未叙述的“空岛篇”和漫画新连载的“新世界”剧情。本作的剧情模式包含四个章节、一个真终章以及多达57个伙伴章节，所有内容均为战斗关卡。故事虽然是原创，但穿插重现了许多原作中的名场面，并实现了原作中难以达成的梦幻对决。
游戏基于以下《海贼王》原作世界观展开：
拥有财富、名声、权力，这世界上的一切的男人 “海贼王”哥尔·D·罗杰，在被行刑受死之前说了一句话，让全世界的人都涌向了大海。“想要我的宝藏吗？如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”，世界开始迎接“大海贼时代”的来临。
时值“大海贼时代”，为了寻找传说中海贼王罗杰所留下的大秘宝“ONE PIECE”，无数海贼扬起旗帜，互相争斗。
一个叫路飞的少年为了与因救他而断臂的香克斯的约定而出海，在旅途中不断寻找志同道合的伙伴，开始了以成为海贼王为目标的伟大冒险旅程。